###################################################
### chunk number 1: fromh1
###################################################
#line 58 "Handout2_2011.Rnw"
library(car)
library(foreign)
options(useFancyQuotes=F)
spss.dat <- read.spss("~/Desktop/Teaching/ICPSR_Rintro/2010/Handout 1/r_example.sav", 
	to.data.frame=T, use.value.labels=T)
spss.dat

stata.dat <- read.dta("~/Desktop/Teaching/ICPSR_Rintro/2010/Handout 1/r_example.dta",
 	convert.factors=T)
stata2.dat <- read.dta("~/Desktop/Teaching/ICPSR_Rintro/2010/Handout 1/r_example_miss.dta", convert.factors=T)
stata2.dat

as.factor(stata2.dat$x3)

stata2.dat$x3fac <- factor(stata2.dat$x3, levels=c("no", "yes"))
stata2.dat
stata2.dat$x3[which(stata2.dat$x3 == ".")] <- NA
stata2.dat


###################################################
### chunk number 2: mean
###################################################
#line 80 "Handout2_2011.Rnw"
mean(stata.dat$x1)


###################################################
### chunk number 3: var
###################################################
#line 85 "Handout2_2011.Rnw"
var(stata.dat$x1)


###################################################
### chunk number 4: sum1
###################################################
#line 93 "Handout2_2011.Rnw"
summary(stata.dat)


###################################################
### chunk number 5: logical
###################################################
#line 118 "Handout2_2011.Rnw"
stata.dat$x3 == "yes"
stata.dat$x2 == "none"
stata.dat$x2 == 1
stata.dat$x1 == 2


###################################################
### chunk number 6: logical2
###################################################
#line 127 "Handout2_2011.Rnw"
stata.dat[stata.dat$x1 == 1 & stata.dat$x2 == "none", ]


###################################################
### chunk number 7: sort1
###################################################
#line 135 "Handout2_2011.Rnw"
stata.dat
stata.dat[c(10,9,8,7,6,5,4,3,2,1), ]


###################################################
### chunk number 8: ord1
###################################################
#line 142 "Handout2_2011.Rnw"
order(stata.dat$x1)


###################################################
### chunk number 9: reord
###################################################
#line 147 "Handout2_2011.Rnw"
stata.dat_reorder <- stata.dat[order(stata.dat$x1), ]
stata.dat_reorder


###################################################
### chunk number 10: tab1
###################################################
#line 184 "Handout2_2011.Rnw"
table(Mroz$wc)


###################################################
### chunk number 11: sumtab
###################################################
#line 190 "Handout2_2011.Rnw"
sum(table(Mroz$wc))
table(Mroz$wc)/753


###################################################
### chunk number 12: proptab
###################################################
#line 196 "Handout2_2011.Rnw"
table(Mroz$wc)/sum(table(Mroz$wc))


###################################################
### chunk number 13: xtab
###################################################
#line 202 "Handout2_2011.Rnw"
library(gmodels)
table(Mroz$wc, Mroz$hc)
CrossTable(Mroz$wc, Mroz$hc, chisq=T)


###################################################
### chunk number 14: lms
###################################################
#line 234 "Handout2_2011.Rnw"
lm(prestige ~ income + type,data=Duncan)
mod <- lm(prestige ~ income + type,data=Duncan)
summary(mod)


###################################################
### chunk number 15: namemod
###################################################
#line 242 "Handout2_2011.Rnw"
names(mod)


###################################################
### chunk number 16: contr1
###################################################
#line 250 "Handout2_2011.Rnw"
contrasts(Duncan$type)


###################################################
### chunk number 17: contr2
###################################################
#line 255 "Handout2_2011.Rnw"
contrasts(Duncan$type) <- contr.treatment(3, base=2)
contrasts(Duncan$type)
lm(prestige ~ type,data=Duncan)


###################################################
### chunk number 18: contr2a
###################################################
#line 263 "Handout2_2011.Rnw"
data(Duncan)
Duncan$type <- relevel(Duncan$type, "prof")
lm(prestige ~ income + type,data=Duncan)


###################################################
### chunk number 19: contr3
###################################################
#line 271 "Handout2_2011.Rnw"
contrasts(Duncan$type) <- 'contr.sum'
lm(prestige ~ type, data=Duncan)


###################################################
### chunk number 20: pred1
###################################################
#line 282 "Handout2_2011.Rnw"
data(Duncan)
Duncan$type <- relevel(Duncan$type, "prof")
mod <- lm(prestige ~ income + type,data=Duncan)	
summary(mod)
mod$fitted
fitted(mod)


###################################################
### chunk number 21: pred2
###################################################
#line 292 "Handout2_2011.Rnw"
pred <- predict(mod)
pred.se <- predict(mod, se.fit=T)
pred.mean.ci <- predict(mod, interval="confidence")
pred.ind.ci <- predict(mod, interval="prediction") 


###################################################
### chunk number 22: pred3
###################################################
#line 303 "Handout2_2011.Rnw"
newdat <- data.frame(
	income = 50, 
	type = "bc")

predict(mod, newdat, interval="confidence")


###################################################
### chunk number 23: pred4
###################################################
#line 313 "Handout2_2011.Rnw"
newdat <- data.frame(
	income = c(40, 50, 60),  
	type = c("bc", "bc", "bc"))

predict(mod, newdat, interval="confidence")


###################################################
### chunk number 24: lh1
###################################################
#line 325 "Handout2_2011.Rnw"
linearHypothesis(mod, "income = 1")


###################################################
### chunk number 25: lh2
###################################################
#line 331 "Handout2_2011.Rnw"
linearHypothesis(mod, "typebc=typewc")


###################################################
### chunk number 26: lh3
###################################################
#line 337 "Handout2_2011.Rnw"
linearHypothesis(mod, c("typebc=0", "typewc=0"))


###################################################
### chunk number 27: anova
###################################################
#line 343 "Handout2_2011.Rnw"
Anova(mod)